CPUファンやケースファンのカタログに3ピンとか4ピンとか表記されていますが、意味がわかりません。

おそらく、電源をとるためのコネクタのピン数のことだと思います。

3ピンと4ピンのコネクタには互換性があります（※）。具体的な接続方法については以下のページをお読みください。

※ 自作に関する話の中で4ピンコネクタと言った場合、上記でいうところの4ピンコネクタとは別に、電源ユニットから伸びている、HDD等に利用される大型の4ピンコネクタのことを意味することもあるので注意してください。また、大型の4ピンコネクタをファン用の3ピンコネクタに変換する（あるいはその逆の）ケーブルは市販されています。