CPUの動作クロックが表記よりも低い。

FSBの設定に問題がある可能性があります。BIOSにおいて設定を確認してみてください。

あるいは、Intel CPUのEIST（Enhanced Intel SpeedStep Technology）やC1E（Enhanced Halt）ステート、AMD CPUのCool'n Quietなど、省電力機能が有効になっているために動作クロックが低く抑えられているという可能性も考えられます。

あと、AMD Athlon XP/64/64 X2、Sempronにおいては、例えばAthlon 64 4000+の最後の数字はモデルナンバーと呼ばれるもので、あくまでCPUの相対的な性能を表すものであり、動作クロックを表しているわけではありません。実際、Athlon 64 4000+の定格の動作クロックは2.40GHzになります。

なお、CPUの設計の違いにより、AMD製のデスクトップ向けCPUは、Intel製の同等の性能のものと比較すると動作クロックが低いという特徴があります。動作クロックが大きいほどCPUの性能が高いという説明をどこかで聞いたことがあるかもしれませんが、異なる設計のCPUを比較する場合には当てはまりませんので注意してください。